Питерская Вышка и BIOCAD объединили молодых биоинформатиков
В Питерской Вышке впервые прошла Зимняя школа по биоинформатике и молекулярному моделированию. В течение недели более ста биологов и химиков посетили лекции и мастер-классы от ведущих российских ученых и экспертов в сфере биоинформатики и компьютерной разработки лекарств. Участники анализировали мутации белков, конструировали малые молекулы и исследовали транскриптом.
Организаторами Зимней школы выступили Школа информатики, физики и технологий, Научно-учебная лаборатория био- и хемоинформатики и компания BIOCAD, реализующие совместную магистерскую программу «Вычислительная биология и биоинформатика».
Юрий Порозов
По словам идеолога Зимней школы, заведующего Научно-учебной лабораторией био- и хемоинформатики Питерской Вышки Юрия Порозова, проведенный интенсив — это возможность нетворкинга с ведущими экспертами и первый шаг для участников к собственным открытиям.
«Благодаря высокому статусу лекторов и передовым исследовательским возможностям Питерской Вышки, слушатели получили новые знания в сфере молекулярного моделирования, компьютерного дизайна лекарств и современной биоинформатики. Школа оказалась полезной не только участникам и слушателям, но и нам, организаторам. Так, выяснилось, что у нас есть ресурсы для совместного ведения нескольких проектов, например, с Центром биомедицинских исследований и технологий НИУ ВШЭ и с МГУ им. М. В. Ломоносова. Для нас горизонтальные связи как внутри университета, так и с коллегами из других вузов и научных центров имеют особую значимость», — рассказал Юрий Порозов.
Александр Надолинский
Директор Департамента вычислительной биологии BIOCAD Александр Надолинский отметил большой интерес со стороны молодых специалистов. В рамках конкурсного отбора на одно место претендовали восемь человек.
«Питерская Вышка собрала талантливых студентов, ведущих ученых и представителей биотехнологической индустрии. Для участников это возможность выйти за рамки стандартного учебного плана и попробовать свои силы в решении задач, максимально приближенных к реальным кейсам из индустрии, — поделился эксперт. — Уверен, что ребята получили опыт, который позволит им быстрее адаптироваться в любой компании, которую они выберут после обучения для построения карьеры. Очень приятно было видеть большую целеустремленность и работоспособность слушателей: они задавали много обстоятельных вопросов профессорам».
На Зимней школе участникам удалось познакомиться с результатами передовых разработок и их авторами. Так, вице-президент по биомедицинским исследованиям Сколтеха Михаил Гельфанд рассказал о структуре хроматина у эукариот — своеобразной упаковке ДНК.
В проектной части молодые ученые разделились на группы и моделировали структуры белков, создавали новые пептиды, а также искали пути борьбы с раковыми клетками через анализ ДНК. Кураторами команд стали сотрудники Питерской Вышки и ПСПбГМУ им. И. С. Павлова.
Владимир Поройков
Академик РАН, заведующий лабораторией структурно-функционального конструирования лекарств НИИ биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича Владимир Поройков пояснил необходимость использования ИИ и больших данных при создании лекарственных препаратов.
«Искусственный интеллект и использование больших биомедицинских и химических данных являются основой для поиска и разработки более безопасных и эффективных лекарственных препаратов. Чрезвычайно важно, что Зимняя школа не только про теорию, но и про практику. Командные проекты создают соревновательный дух, который способствует лучшему пониманию материала. Мультидисциплинарный подход Питерской Вышки формирует современную экосистему, где химики, физики, экономисты и биоинформатики работают над одним проектом. По отдельности они не смогут достичь результата. Поэтому молодым специалистам не следует ограничиваться изучением биоинформатики — нужно вникать в естественно-научные дисциплины. Без понимания физико-химических основ взаимодействия лекарств с организмом человека, освоения математических методов и машинного обучения сложно понять молекулярные процессы и разрабатывать современные лекарства», — подчеркнул Владимир Поройков.
Артем Зарайский
Магистрант хемоинформатики из НИЯУ МИФИ — Артем Зарайский специально приехал на Зимнюю школу из Москвы. Ему понравилась насыщенная проектная программа и системная структура лекций интенсива. В практической части он работал над оценкой влияния мутаций на структуру и функции белков.
«В рамках проектной работы мы с нуля подготовили рабочую среду и объект исследования, провели молекулярно-динамическую симуляцию и проанализировали полученные результаты по нескольким метрикам. На моей памяти это первая школа, сосредоточенная главным образом на структурной биоинформатике и смежных сферах. Каждая лекция или разговор с наставником либо другими студентами позволяла расширить горизонты познания и глубже погрузиться в профессиональную среду», — поделился студент.
Полина Исаева
Полина Исаева занимается геномикой и начинает научную карьеру в структурной биоинформатике. Проекты Зимней школы коррелируют с ее дипломом и помогают по-новому взглянуть на профессиональную область.
«Тема моего диплома близка к классической молекулярной динамике. На Зимней школе я узнала много нового об этой области. Я была в полнейшем восторге от лекций: их вели невероятно интересные ученые и специалисты в области биоинформатики. На практике у нас получилось продуктивное сотрудничество с ребятами из разных вузов, думаю, что буду поддерживать контакт с будущими коллегами», — резюмировала Полина.
НИУ ВШЭ — Санкт-Петербург в партнерстве с биотехнологической компанией BIOCAD с 2021 года реализует магистерскую программу «Вычислительная биология и биоинформатика». Учебный план состоит из теоретических курсов, практических занятий и научно-исследовательской работы. Студенты осваивают создание терапевтических молекул, построение моделей эффективности препаратов и разрабатывают алгоритмы моделирования биологических систем.
Надолинский Александр Анатольевич