Кто читает:: Департамент информатики

Статус:: Курс обязательный

Когда читается:: 1-й курс, 1, 2 модуль

Преподаватель

Сайфулин Дмитрий Тимурович

Дополнительные материалы в LMS Задать вопрос

Аннотация

ТРОПА (Терминал. Редактор. Окружение. Протоколы. Архитектура) - практический курс по тому, что, как ожидается, должен знать каждый разработчик, но чему никто не учит: терминал, редакторы, системы контроля версий, Docker, сети и повседневные навыки, лежащие в основе современной разработки программного обеспечения.

Цель освоения дисциплины

Формирование практических компетенций в области базового инструментария разработчика, необходимого для эффективной работы в среде вычислительной биологии и биоинформатики: командная строка и терминал, текстовые редакторы, системы контроля версий, контейнеризация, сетевые протоколы и архитектурные принципы построения программных систем. Курс ориентирован на восполнение практического пробела между теоретической подготовкой и реальными требованиями научной и инженерной работы с вычислительными пайплайнами и воспроизводимыми исследованиями.

Планируемые результаты обучения

Выполняет навигацию и манипуляции с файловой системой исключительно средствами командной строки.
Комбинирует команды в конвейеры для фильтрации и обработки текстовых данных.
Управляет процессами и фоновыми задачами в терминальной среде.
Переключается между режимами Vim и выполняет базовые операции редактирования без использования мыши.
Настраивает конфигурационные файлы оболочки и редактора для персонализации рабочей среды. Выбирает редактор или среду разработки в зависимости от задачи обработки биологических данных.
Инициализирует Git-репозиторий и отслеживает изменения файлов через цикл modify-add-commit
Создаёт и управляет ветками для параллельной разработки и экспериментов. Настраивает SSH-аутентификацию для безопасной работы с удалёнными репозиториями.
Применяет Git для обеспечения воспроизводимости биоинформатических пайплайнов.
Запускает готовые контейнеры и управляет их жизненным циклом. Создаёт Dockerfile для упаковки биоинформатических инструментов и их зависимостей.
Настраивает проброс портов и монтирование томов для взаимодействия контейнера с хост-системой . Организует многоконтейнерные окружения для воспроизводимых вычислительных пайплайнов.
Объясняет взаимодействие уровней модели OSI при передаче данных . Использует утилиты командной строки для диагностики сетевых соединений. Настраивает SSH-аутентификацию по ключам для безопасного доступа к серверам . Применяет curl и wget для взаимодействия с REST API биоинформатических сервисов.
Проектирует вычислительный пайплайн с использованием инструментов оркестрации.
Настраивает параметры задачи для планировщика SLURM и управляет её выполнением на кластере.
Интегрирует контейнеризированные инструменты в воспроизводимые пайплайны обработки биологических данных.

Содержание учебной дисциплины

Терминал и командная строка
Текстовые редакторы и среда разработки
Системы контроля версий (Git)
Контейнеризация и воспроизводимые окружения
Сетевые протоколы и архитектура взаимодействия
Архитектура вычислительных систем и прикладные аспекты

Элементы контроля

ДЗ №3
ДЗ №4
ДЗ №6
Тест
ДЗ №1
ДЗ №5
ДЗ №2

Промежуточная аттестация

2026/2027 2nd module
0.1 * ДЗ №6 + 0.4 * Тест + 0.1 * ДЗ №2 + 0.1 * ДЗ №1 + 0.1 * ДЗ №5 + 0.1 * ДЗ №3 + 0.1 * ДЗ №4

Список литературы

Авторы

Сайфулин Дмитрий Тимурович
Любавина Светлана Вячеславовна

Магистерская программа «Вычислительная биология и биоинформатика»

Контакты

Контакт-центр

ТРОПА

Преподаватель

Программа дисциплины