• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
04
Февраль

Научно-исследовательская работа

Когда начинается научная работа студента?
Научно-исследовательские работы начинаются со второго семестра, до этого момента идет только теоретическое и практическое обучение.


Что из себя представляет научно-исследовательская работа?
Проекты второго семестра обычно представляют из себя небольшие задачи, уверенно решаемые за 3–4 месяца, которые потом можно развить в настоящий дипломный проект на втором курсе.


Кто может быть научным руководителем?
Проекты выполняются студентами индивидуально под чутким и пристальным надзором научного руководителя.
Как правило, научные руководители — действующие сотрудники Департамента вычислительной биологии компании BIOCAD. В голове у них всегда очень много задач, которые нужно решить, чтобы делать лекарственные препараты быстрее, но никогда рядом нет рук и светлых голов, чтобы заняться их решением.
Однако не BIOCAD’ом единым ограничивается выбор научного руководителя — главное найти специалиста, чья экспертиза соответствуют тематике программы.


Примеры научно-исследовательских проектов для наших студентов с кратким пояснением «А зачем это нужно?»:
  • Обучение модели, основанной на MSA Transformer для предсказания структур антител. (*Будем уметь строить модель антитела — сможем оптимизировать его функциональность.)
  • Предсказание конформаций CDR H3 антител с использованием потенциалов глубокого обучения. (*Будем уметь строить ХОРОШУЮ модель антитела — сможем оптимизировать его функциональность ТОЧНЕЕ.)
  • Поиск коррелирующих позиций во множественном выравнивании вариабельных доменов антител для улучшения протоколов матурации. (*Найдем какие позиции коррелируют — будем делать меньше ошибок при оптимизации функциональности антитела.)
  • Сравнение методов MM/PBSA и MM/GBSA в рамках оценки изменения аффинности при внесении точечной мутации в вариабельный домен антитела. (*Выберем из двух методов лучший для оптимизации — будем оптимизировать точнее.)
  • Реализация и валидация алгоритма FEP для расчета относительного изменения свободной энергии при внесении замен с изменением заряда. (*Расширим границы применения самого точного метода для оптимизации — будем оптимизировать точнее и больше.)
  • Разработка алгоритма учета структурной информации при гуманизации антитела. (*Будем учитывать качественную информацию о структуре антитела (см. выше) при превращении эффективных животных антител в человеческие — с большей вероятность снизим их иммуногенность для человека без потери эффективности.)
  • Улучшение протокола предсказания PTM на вариабельных доменах антител. (*Будем хорошо предсказывать посттрансляционные модификации — будем быстро и качественно подбирать условия наработки и хранения препаратов.)
Эти темы лишь пример нерешенных задач вычислительной биологии, ответ на которые значительно ускорит и удешевит процесс разработки терапевтических антител (да и белков в целом).
Для работы над научно-исследовательскими работами BIOCAD предоставит не только руководителя с интересной и животрепещущей темой, но и доступ к вычислительным ресурсам, коммерческому ПО компании и документации к этому ПО.