Проекты лаборатории

Цель исследования:

Методами компьютерного моделирования разработать структуры мишень-специфических низкомолекулярных ингибиторов белков, аффилированных с контрольными точками. В этой НИР приоритетной (предполагаемой) молекулярной мишенью является PD-1/PD-L1.

Задачи исследования:

1. Исследование молекулярной структуры рассматриваемых мишеней, анализ взаимодействия существующих интерактантов с экспериментально установленной специфической активностью.
2. Моделирование процесса связывания рассматриваемых мишеней с нативными интерактантами, математическая параметризация лиганд-белковых комплексов с точки зрения критических точек, отвечающих за специфическое распознавание мишени.
3. Моделирование химического пространства малых молекул, с заданным подобием относительно нативных интерактантов рассматриваемых мишеней, скрининг модельных соединений, формирование списка приоритетных структур.
4. Наработка (синтез) приоритетных структур, оценка физико-химических и фармакологических свойств. Экспериментальное подтверждение биологической активности синтезированных соединений.
5. Патентование полученных соединений.

Проект международного академического сотрудничества совместно с Университетом Цзясин

Цель научного исследования:

1) выявить и аннотировать-обобщить низкомолекулярные ингибиторы белков, опосредующих реакцию теплового шока и протеотоксический стресс после ФДТ;

2) отобрать 5 ингибиторов для каждого сигнального пути клеточного выживания и продемонстрировать их взаимодействие с соответствующей мишенью с помощью молекулярной динамики и вычислительного молекулярного моделирования;

3) предоставить in vitro доказательства фармакодинамической эффективности ингибиторов для улучшения терапевтического результата. Достижение этих этапов послужит поводом для последующих исследований in vivo по доказательству концепции (proof-of-concept).

Будут проводиться совместные научные семинары и международный обмен в форме стажировок в лабораториях-участницах. Студенты и аспиранты смогут увидеть методы проведения сложнейших расчётов на серверном оборудовании и последующий анализ их результатов.

Задачи научного исследования:

1. Провести моделирование влияния координированного металла на термодинамическое равновесие в модельных бислоях дипальмитоилфосфатидилхолина (ДПФХ) и водной среде. Проведение вычислительных тестов на  внутримембранную стабильность фталоцианинов с координированными Zn и Al (допускается добавление в расчеты Si, In, Ga, Cu, Ti, Mg, Sn по просьбе лаборатории-Партнера).

2. В модельных бислоях и водной среде рассчитать (де)стабилизирующее влияние длины ацильной цепи фосфолипида на ZnPC и AlPC по сравнению с наиболее стабильным координированным металлом. Сравнение C16 (DPPC) с C14 (DMPC) и C18 (DSPC).

3. Рассчитать влияние полиэтиленгликоля (2000 amu), конъюгированного с DSPE, на термодинамические равновесия фотосенситайзера в бислоях DPPC и наиболее стабильном бислое, как определено в пункте 2.

НИР в рамках проекта РНФ 25-75-10075 (Заказчик НИУ ИТМО)

Заказчик ЗАО «Фарм-Холдинг»

Заказчик ПСПбГМУ им. И.П. Павлова Минздрава России