Центр междисциплинарных фундаментальных исследований осуществляет междисциплинарные исследования, научно-исследовательскую, экспертно-аналитическую, и консалтинговую деятельность. ЦМФИ служит площадкой для научных стартапов и институционализация успешных научных коллективов.

Основной задачей ЦМФИ является привлечение средств грантов российских и международных научных фондов и средств исследовательских партнеров кампуса. Также центр организует и проводит научные семинары, конференции, симпозиумы и другие мероприятия, в том числе с участием зарубежных специалистов. В настоящее время в ЦМФИ реализуются 3 проекта Российского научного фонда.