О Школе
I Зимняя школа НИУ ВШЭ — Санкт-Петербург «Биоинформатика и молекулярное моделирование» — новое ежегодное событие, которое открывает дверь в современную вычислительную биологию. Это не просто серия лекций: Школа станет точкой притяжения для студентов, аспирантов и молодых исследователей, стремящихся получить глубокие, системные знания в области молекулярного моделирования, компьютерного дизайна лекарств и современной биоинформатики.
Для кого?
- для студентов бакалавриата 3-4 курсов, которые хотят углубить свои знания в структурной биологии и молекулярном моделировании;
- выпускников вузов, которые выбирают магистратуру смежного профиля;
- молодых специалистов в области биоинформатики, которые хотят повысить квалификацию и выйти на новый уровень в карьере.
Зачем участвовать в Зимней Школе?
- посетить серию ярких лекций от ведущих российских ученых;
- принять участие в воркшопах и интенсивах в области биоинформатики и молекулярного моделирования;
- разработать собственный исследовательский проект под руководством кураторов;
- лично пообщаться с исследователями из академической среды и индустрии;
- познакомиться с магистерской программой НИУ ВШЭ и BIOCAD «Вычислительная биология и биоинформатика».
Формат проведения
Школа построена в виде трех взаимосвязанных блоков, позволяющих участникам пройти путь от фундамента биоинформатики к реальным исследовательским навыкам и собственным проектам.
-
Лекции
Лекции ведущих российских ученых, определяющих повестку современной биоинформатики и медицинской химии.
Это редкая возможность услышать лидеров отрасли в одном месте — и задать им вопросы лично.
-
Практико-ориентированные модули
Интенсивные семинары и мастер-классы познакомят слушателей с реальными инструментами молекулярного конструирования, современными вычислительными протоколами, подходами к анализу структурных данных, методами предсказания свойств молекул, докинга, MD-симуляций и многого другого.
Участники увидят, как работают методы, которыми пользуются крупные исследовательские группы и R&D-подразделения биотех-компаний. -
Самостоятельная проектная работа
Слушатели сформируют мини-команды, выберут исследовательский проект и самостоятельно выполнят его на современном серверном оборудовании ВШЭ. Консультировать будут кураторы факультета ШИФТ ВШЭ — Санкт-Петербург, лаборатории био- и хемоинформатики, ПСПбГМУ им. И. С. Павлова — действующие исследователи, для которых молекулярное моделирование и биоинформатика являются основной профессиональной областью.
Key Notes
доктор химических наук, зав. отделом биомолекулярной химии, зам. директора по научной работе Института биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова Российской академии наук
д. б. н., академик РАН, заведующий лабораторией структурно-функционального конструирования лекарств НИИ биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича
д.б.н., профессор, член Academia Europaea, вице-президент по биомедицинским исследованиям Сколтеха
«Структура хроматина у эукариот»
Фото: Vladimir Feelin
к. ф.-м. н., заведующий лабораторией структурного анализа и инжиниринга мембранных систем Московского физико-технического института
д.х.н., профессор факультета Биоинженерии Биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова
Директор Центра биоимедицинских исследований и технологий Институт Искусственного Интеллекта и Цифровых Наук ФКН НИУ ВШЭ
Расписание
-
21 ноября — 30 декабря
Сбор заявок
-
30 декабря — 14 января
Проведение отборочного этапа
-
14 января — 16 января
Оглашение результатов
-
Очная Зимняя школа в НИУ ВШЭ — Санкт-Петербург, Канатный цех, 25-я линия Васильевского острова, 6, к. 1
26 января
9:00–15:00 Лекции и воркшопы
15:00–20:30 Проектная работа27 января
9:00–15:00 Лекции и воркшопы
15:00–20:30 Проектная работа28 января
9:00–15:00 Лекции и воркшопы
15:00–20:30 Проектная работа29 января
9:00–15:00 Лекции и воркшопы
15:00–20:30 Проектная работа30 января
9:00–15:00 Лекции и воркшопы
15:00–20:30 Проектная работа31 января
10:45–15:00 Самостоятельная работа и консультации по проектам
15:00–17:00 Защиты проектов и награждение
Проекты
Вычисление уязвимости нейробластомы
Поиск синтетически-летальных взаимодействий для генов основного регуляторного кора нейробластомы на основе анализа мультиомных данных.
Разработка способов увеличения нагрузки препарата создания конъюгатов с антителами
Необходимо предложить наиболее оптимальный метод увеличения содержания заданного препарата на терапевтическом антителе, используя данные литературы и расчетные методы.
Оценка влияния мутации на структуру и функции белка
Моделирование структуры белка и анализ эффекта мутации методом молекулярной динамики.
Дизайн белков и пептидов для блокирования активации рецепторов эпидермального фактора роста.
Создание новых белков и пептидов, блокирующих димеризацию и активацию рецепторов эпидермального фактора роста
Маневры в молекулярном пространстве: поиск и дизайн хитов к вашей мишени
Идентификация пула потенциально активных малых молекул с помощью методов молекулярного моделирования.
Реализация дизайна малых молекул в условиях дефицита данных о структуре мишени
Моделирование структуры белков в контексте отсутствия части данных об их структуре.
Контрастное обучение для молекулярного поиска Self-supervised learning молекулярных представлений
В этом проекте вы научите нейронную сеть создавать векторные представления молекул без использования меток. Полученные вектора можно использовать для поиска похожих молекул в больших базах данных.
Предсказание проникновения молекул через ГЭБ с помощью AI
Предсказание способности малых молекул проникать через гематоэнцефалический барьер (BBB) с использованием нейросетевых подходов. Проект охватывает весь pipeline
от представления молекул в виде графов до обучения Graph Neural Networks для бинарной классификации. Участники научатся интерпретировать предсказания модели
для понимания структурных особенностей, влияющих на проникновение через ГЭБ.
Условия участия
Участие в первой Зимней школе бесплатное. Проезд, проживание и питание оплачиваются слушателями самостоятельно. Слушателям может быть предоставлено место в общежитии НИУ ВШЭ — Санкт-Петербург (при наличии мест).
Для участия в первой Зимней школе «Биоинформатика и молекулярное моделирование» нужно:
- Заполнить заявку на участие в отборочном этапе
- Получить письмо-подтверждение на email
- Оправить резюме и мотивационное письмо
- Пройти отборочный этап и стать участником Зимней Школы.