О Школе

I Зимняя школа НИУ ВШЭ — Санкт-Петербург «Биоинформатика и молекулярное моделирование» — новое ежегодное событие, которое открывает дверь в современную вычислительную биологию. Это не просто серия лекций: Школа станет точкой притяжения для студентов, аспирантов и молодых исследователей, стремящихся получить глубокие, системные знания в области молекулярного моделирования, компьютерного дизайна лекарств и современной биоинформатики.

Для кого?

  • для студентов бакалавриата 3-4 курсов, которые хотят углубить свои знания в структурной биологии и молекулярном моделировании;
  • выпускников вузов, которые выбирают магистратуру смежного профиля;
  • молодых специалистов в области биоинформатики, которые хотят повысить квалификацию и выйти на новый уровень в карьере.

Зачем участвовать в Зимней Школе?

  • посетить серию ярких лекций от ведущих российских ученых;
  • принять участие в воркшопах и интенсивах в области биоинформатики и молекулярного моделирования;
  • разработать собственный исследовательский проект под руководством кураторов;
  • лично пообщаться с исследователями из академической среды и индустрии;
  • познакомиться с магистерской программой НИУ ВШЭ и BIOCAD «Вычислительная биология и биоинформатика».

Формат проведения

Школа построена в виде трех взаимосвязанных блоков, позволяющих участникам пройти путь от фундамента биоинформатики к реальным исследовательским навыкам и собственным проектам.

  • Лекции

    Лекции ведущих российских ученых, определяющих повестку современной биоинформатики и медицинской химии.

    Это редкая возможность услышать лидеров отрасли в одном месте — и задать им вопросы лично.

  • Практико-ориентированные модули

    Интенсивные семинары и мастер-классы познакомят слушателей с реальными инструментами молекулярного конструирования, современными вычислительными протоколами, подходами к анализу структурных данных, методами предсказания свойств молекул, докинга, MD-симуляций и многого другого.
    Участники увидят, как работают методы, которыми пользуются крупные исследовательские группы и R&D-подразделения биотех-компаний.

  • Самостоятельная проектная работа

    Слушатели сформируют мини-команды, выберут исследовательский проект и самостоятельно выполнят его на современном серверном оборудовании ВШЭ. Консультировать будут кураторы факультета ШИФТ ВШЭ — Санкт-Петербург, лаборатории био- и хемоинформатики, ПСПбГМУ им. И. С. Павлова — действующие исследователи, для которых молекулярное моделирование и биоинформатика являются основной профессиональной областью.

Key Notes

Илья Викторович Ямпольский

доктор химических наук, зав. отделом биомолекулярной химии, зам. директора по научной работе Института биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова Российской академии наук

Как светятся живые организмы?
Владимир Васильевич Поройков

д. б. н., академик РАН, заведующий лабораторией структурно-функционального конструирования лекарств НИИ биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича

Большие данные, естественный и искусственный интеллект в создании лекарственных препаратов
Михаил Сергеевич Гельфанд

д.б.н., профессор, член Academia Europaea, вице-президент по биомедицинским исследованиям Сколтеха

«Интерпретируемые нейронные сети для предсказания пространственной структуры хроматина»

«Структура хроматина у эукариот»

Фото: Vladimir Feelin
Иван Юрьевич Гущин

к. ф.-м. н., заведующий лабораторией структурного анализа и инжиниринга мембранных систем Московского физико-технического института

Инженерия белков с помощью генеративного искусственного интеллекта
Андрей Викторович Головин

д.х.н., профессор факультета Биоинженерии Биоинформатики МГУ им. М.В. Ломоносова

ML для дизайна белков
Мария Сергеевна Попцова

Директор Центра биоимедицинских исследований и технологий Институт Искусственного Интеллекта и Цифровых Наук ФКН НИУ ВШЭ

Фундаментальные модели для решения задач геномики

Расписание

  • 21 ноября — 30 декабря

    Сбор заявок

  • 30 декабря — 14 января

    Проведение отборочного этапа

  • 14 января — 16 января

    Оглашение результатов

  • Очная Зимняя школа в НИУ ВШЭ — Санкт-Петербург, Канатный цех, 25-я линия Васильевского острова, 6, к. 1

    26 января

    9:00–15:00 Лекции и воркшопы
    15:00–20:30 Проектная работа

    27 января

    9:00–15:00 Лекции и воркшопы
    15:00–20:30 Проектная работа

    28 января

    9:00–15:00 Лекции и воркшопы
    15:00–20:30 Проектная работа

    29 января

    9:00–15:00 Лекции и воркшопы
    15:00–20:30 Проектная работа

    30 января

    9:00–15:00 Лекции и воркшопы
    15:00–20:30 Проектная работа

    31 января

    10:45–15:00 Самостоятельная работа и консультации по проектам
    15:00–17:00 Защиты проектов и награждение

Проекты

Вычисление уязвимости нейробластомы

Поиск синтетически-летальных взаимодействий для генов основного регуляторного кора нейробластомы на основе анализа мультиомных данных.

Разработка способов увеличения нагрузки препарата создания конъюгатов с антителами

Необходимо предложить наиболее оптимальный метод увеличения содержания заданного препарата на терапевтическом антителе, используя данные литературы и расчетные методы.

Оценка влияния мутации на структуру и функции белка

Моделирование структуры белка и анализ эффекта мутации методом молекулярной динамики.

Дизайн белков и пептидов для блокирования активации рецепторов эпидермального фактора роста.

Создание новых белков и пептидов, блокирующих димеризацию и активацию рецепторов эпидермального фактора роста

Маневры в молекулярном пространстве: поиск и дизайн хитов к вашей мишени

Идентификация пула потенциально активных малых молекул с помощью методов молекулярного моделирования.

Реализация дизайна малых молекул в условиях дефицита данных о структуре мишени

Моделирование структуры белков в контексте отсутствия части данных об их структуре.

Контрастное обучение для молекулярного поиска Self-supervised learning молекулярных представлений

В этом проекте вы научите нейронную сеть создавать векторные представления молекул без использования меток. Полученные вектора можно использовать для поиска похожих молекул в больших базах данных.

Предсказание проникновения молекул через ГЭБ с помощью AI

Предсказание способности малых молекул проникать через гематоэнцефалический барьер (BBB) с использованием нейросетевых подходов. Проект охватывает весь pipeline
от представления молекул в виде графов до обучения Graph Neural Networks для бинарной классификации. Участники научатся интерпретировать предсказания модели
для понимания структурных особенностей, влияющих на проникновение через ГЭБ.

Условия участия

Участие в первой Зимней школе бесплатное. Проезд, проживание и питание оплачиваются слушателями самостоятельно. Слушателям может быть предоставлено место в общежитии НИУ ВШЭ — Санкт-Петербург (при наличии мест).

Для участия в первой Зимней школе «Биоинформатика и молекулярное моделирование» нужно: 

  1. Заполнить заявку на участие в отборочном этапе
  2. Получить письмо-подтверждение на email
  3. Оправить резюме и мотивационное письмо
  4. Пройти отборочный этап и стать участником Зимней Школы.