Research Seminar "Biomedical Data Research"

2021/2022

Academic Year

RUS

Instruction in Russian

5

ECTS credits

Delivered at:

Department of Informatics

Course type:

Compulsory course

When:

1 year, 1-4 module

Instructor

Kondinskaia, Diana

Программа дисциплины

Аннотация

Является обязательной дисциплиной. Дисциплина относится к циклу дисциплин проектной и исследовательской работы и блоку дисциплин, обеспечивающих магистерскую подготовку. Целями освоения дисциплины являются: - развитие навыков работы с медико-биологическими данными; - знакомство с видами медико-биологических данных и современными форматами их представления; - развитие навыков по систематизации и обработке медико-биологических данных; - развитие навыков презентации результатов анализа медико-биологических данных и оформления презентационных материалов. Настоящая дисциплина относится к циклу дисциплин проектной и исследовательской работы и блоку дисциплин, обеспечивающих магистерскую подготовку. Основные положения дисциплины должны быть использованы в дальнейшем при изучении любых дисциплин, связанных с научно-исследовательской деятельностью студентов, а так же при подготовке ВКР. Дисциплина включает в себя следующие разделы: виды и канонические форматы представления медико-биологических данных; способы систематизации и оценки медико-биологических данных; технологические вопросы цифровой обработки медико-биологических данных.

Цель освоения дисциплины

• Целями освоения дисциплины являются развитие навыков работы с медико-биологическими данными; знакомство с видами медико-биологических данных и современными форматами их представления; развитие навыков по систематизации и обработке медико-биологических данных; развитие навыков презентации результатов анализа медико-биологических данных и оформления презентационных материалов.

Планируемые результаты обучения

• Владение основными программами для реконструкции филогенетических деревьев
• Научить практически выполнять простейший филогенетический анализ семейства биологических последовательностейт.
• Познакомить с основными алгоритмами вычислительной филогенетики
• Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
• Познакомить с публикациями по данной тематике
• Понимание русской и английской терминологии, относящейся к теме семинара, способность читать и понимать литературу по теме;
• Понимание теоретических принципов вычислительной филогенетики

Содержание учебной дисциплины

• Основные принципы молекулярной эволюции
• Филогенетическое дерево как комбинаторный объект
• Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев
• Программы работы с филогенетическими деревьями. Форматы файлов
• Современная литература по вычислительной филогенетике
• Разбор статей и доклады студентов

Элементы контроля

• Контрольная работа №1
• Доклад
  Студенты выступают с докладом по отдельным статьям по теме исследования
• Контрольная работа №2

Промежуточная аттестация

• 2021/2022 учебный год 4 модуль
  0.3 * Контрольная работа №1 + 0.7 * Доклад
• 2022/2023 учебный год 2 модуль
  0.4 * Контрольная работа №2 + 0.6 * 2021/2022 учебный год 4 модуль

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

• Сандырева, Т., Герасимова, Н., Лопатухин, А., Киреев, Д., Куевда, Д., Шипулин, Г., & Подымова, А. (2014). Филогенетический Анализ В Эпидемиологических Расследованиях Случаев Вич-Инфекции. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.EBE1BC3C

Рекомендуемая дополнительная литература

• Felsenstein, J. (1997). An Alternating Least Squares Approach to Inferring Phylogenies from Pairwise Distances. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsbas&AN=edsbas.C063E807
• Felsenstein, J. (2001). Taking variation of evolutionary rates between sites into account in inferring phylogenies. Journal Of Molecular Evolution, 53(4–5), 447–455. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=mdc&AN=11675604

Авторы

• Спицина Кристина Станиславовна
• Кузнецов Антон Михайлович