Comparative Genomics

2022/2023

Academic Year

RUS

Instruction in Russian

6

ECTS credits

Delivered at:

Department of Informatics

Course type:

Elective course

When:

2 year, 1, 2 module

Программа дисциплины

Аннотация

Является дисциплиной по выбору. В рамках освоения дисциплины студенты получат представление о функциональной аннотации генов, характеризации геномов по молекулярной массе, количеству генов и нуклеотидной последовательности, выявлению сходства и различия в организации геномов. Для освоения дисциплины необходимы знания, полученные в результате изучения дисциплины «Молекулярная биология и биотехнологии».

Цель освоения дисциплины

• Формирование у студентов представления об эволюции геномов, связи ее с эволюционной историей отдельных генов, а также практических навыков аннотации геномов с использованием сравнительно-геномных методов.

Планируемые результаты обучения

• Знает основные алгоритмы и программы анализа эволюции геномов.
• Знает современные проблемы в области эволюции геномов, постановки задач, в том числе, нерешенных.
• Знает фундаментальные понятия, законы, модели эволюции геномов.
• Имеет навыки оценки качества аннотации.
• Имеет навыки поиска гомологов.
• Имеет навыки построения филогенетических деревьев.
• Имеет навыки реконструкции хромосомных перестроек.
• Уметь использовать адекватные современные программные средства анализа геномов.
• Умеет проводить автоматическую аннотацию геномов.
• Умеет проводить функциональную аннотацию и анализ регуляции бактериальных генов с использованием сравнительно-геномных методов.

Содержание учебной дисциплины

• Функциональная аннотация
• Эволюция геномов
• Системная биология

Элементы контроля

• Дискуссия
  Студенты участвуют в дискуссии по теме, заранее выбранной преподавателем.
• Экзамен №2
• Экзамен №1

Промежуточная аттестация

• 2022/2023 учебный год 1 модуль
  0.59 * Дискуссия + 0.41 * Экзамен №1
• 2022/2023 учебный год 2 модуль
  0.41 * Экзамен №2 + 0.59 * Дискуссия

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

• Baxevanis, A. D., & Ouellette, B. F. F. (2001). Bioinformatics : A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Vol. 2nd ed). New York: Wiley-Interscience. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=82014
• Mushegian, A. R. (2007). Foundations of Comparative Genomics. Amsterdam: Academic Press. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=199143
• Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics (Vol. Third edition). Chichester, West Sussex, UK: Wiley-Blackwell. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=1055003

Рекомендуемая дополнительная литература

• Galperin, M. Y., & Koonin, E. V. (2000). Who’s your neighbor? New computational approaches for functional genomics. Nature Biotechnology, 18(6), 609. https://doi.org/10.1038/76443
• Orengo, C., Jones, D., & Thornton, J. M. (2003). Bioinformatics : Genes, Proteins and Computers. Oxford: Taylor & Francis. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=102529

Авторы

• Кузнецов Антон Михайлович
• Яковлев Павел Андреевич
• Спицина Кристина Станиславовна