Research Seminar "Journal Club"

2023/2024

Academic Year

RUS

Instruction in Russian

3

ECTS credits

Delivered at:

Department of Informatics

Course type:

Compulsory course

When:

1 year, 3, 4 module

Instructor

Сергеева Валерия Евгеньевна

Программа дисциплины

Аннотация

В настоящий момент работа вычислительного биолога почти наполовину состоит из чтения научных статей по своей области и обсуждения новейших данных с коллегами. Журнальный клуб нужен именно для того, чтобы научиться делать и первое, и второе: участники курса читают статьи и готовят по ним доклады, чтобы после совместно обсуждать результаты. Журнальный клуб проходит во втором семестре. Весной первого курса предполагается разбор тех статей, с которыми студенты параллельно знакомятся в рамках своих научно-исследовательских проектов, разбирают недавно вышедшие статьи, которые существенно повлияли на вычислительную биоинформатику в целом.

Цель освоения дисциплины

• знакомство с новыми опубликованными исследованиями, относящимися к различным направлениям биоинформатики, создание представлений о наиболее современных и актуальных тенденциях в науке
• формирование навыков быстрой и эффективной работы с научной литературой
• закрепление основных терминов и понятий из теоретических курсов по биоинформатике

Планируемые результаты обучения

• студенты будут осведомлены о передовых разработках и публикациях из различных направлений биоинформатики (ориентировочный список направлений дан в п. Разделы дисциплины)
• студенты прокачают навык научного исследования, будут уметь быстро искать основные идеи в статьях и излагать их в формате презентации
• у студентов разовьётся критическое мышление, они научатся выделять неоднозначные тезисы из статей, анализировать аргументы и контраргументы, а также валидировать идеи, обращаясь к альтернативным источникам информации
• студенты ознакомятся с культурой научной дискуссии и будут иметь опыт в обсуждении спорных тезисов в формате профессионального диалога
• студенты получат опыт выступления с презентацией перед будущими коллегами
• студенты закрепят основные термины и понятия из теоретических курсов по биоинформатике

Содержание учебной дисциплины

• Синтетическая биология
• Дизайн белковых молекул
• Биоинформатика в иммунологии
• Дизайн лекарств
• Разработка продуцентов
• Машинное обучение в биоинформатике

Элементы контроля

• Эффективное участие в дискуссиях
• Презентация

Промежуточная аттестация

• 2023/2024 4th module
  0.5 * Презентация + 0.5 * Эффективное участие в дискуссиях

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

• Берестов, Д. С. Клиническая физиология. Показатели метаболизма : учебное пособие / Д. С. Берестов, А. В. Меньшиков. — Ижевск : УдГАУ, 2021. — 63 с. — Текст : электронный // Лань : электронно-библиотечная система. — URL: https://e.lanbook.com/book/257909 (дата обращения: 00.00.0000). — Режим доступа: для авториз. пользователей.
• Биология. Биологические системы и процессы. 11 класс : учебник для общеобразоват. организаций (углубленный уровень), Теремов, А. В., 2015
• Визуализация данных с помощью библиотеки D3.js 4.x : учимся визуализировать ваши данные с помощью языка JavaScript, Рининсланд, Э., 2017
• Жизнь - в клетке, или Лекарства внутри нас, Киселев, С. Л., 2022
• Закономерности роста, метаболизма куриных эмбрионов яичных кроссов и развитие их висцеральных органов при воздействии переменных температур инкубации : монография / М.И. Челнокова, Ф.И. Сулейманов, А.А. Челноков, Ю.В. Аржанкова. — Москва : ИНФРА-М, 2022. — 184 с. — (Научная мысль). — DOI 10.12737/1870595. - ISBN 978-5-16-017732-8. - Текст : электронный. - URL: https://znanium.com/catalog/product/1870595
• Иммунология (для студентов медицинских вузов) : учебное пособие / А. М. Земсков, В. А. Земскова, В. М. Земсков [и др.] ; под ред. А. М. Земскова. — Москва : КноРус, 2023. — 343 с. — ISBN 978-5-406-10762-1. — URL: https://book.ru/book/948598 (дата обращения: 27.08.2024). — Текст : электронный.
• Кондрашов, Ю. Н., Анализ данных и машинное обучение на платформе MS SQL Server : учебное пособие / Ю. Н. Кондрашов. — Москва : Русайнс, 2023. — 303 с. — ISBN 978-5-466-01955-1. — URL: https://book.ru/book/947076 (дата обращения: 27.08.2024). — Текст : электронный.
• Медицинская микробиология и иммунология, Левинсон, У., 2023
• Молекулы и кристаллы, Ферми, Э., 1947
• Основы биохимии Ленинджера. Т. 2: Биоэнергетика и метаболизм, Нельсон, Д., 2017
• Якупов, Т. Р. Биомолекулы: происхождение, строение, свойства : учебное пособие / Т. Р. Якупов, .. Ф. Зиннатов. — Казань : КГАВМ им. Баумана, 2022. — 116 с. — Текст : электронный // Лань : электронно-библиотечная система. — URL: https://e.lanbook.com/book/242609 (дата обращения: 00.00.0000). — Режим доступа: для авториз. пользователей.

Рекомендуемая дополнительная литература

• Python для сложных задач: наука о данных и машинное обучение. - 978-5-4461-0914-2 - Плас Дж. Вандер - 2021 - Санкт-Петербург: Питер - https://ibooks.ru/bookshelf/376830 - 376830 - iBOOKS
• Актуальные вопросы коррекции нарушений метаболизма в офтальмологической практике : учебное пособие / М. Н. Пономарева, Ф. Д. , Л. В. Белокрылова [и др.]. — Тюмень : ТюмГМУ, 2019. — 227 с. — Текст : электронный // Лань : электронно-библиотечная система. — URL: https://e.lanbook.com/book/218348 (дата обращения: 00.00.0000). — Режим доступа: для авториз. пользователей.
• Влияние кормовых добавок агроминералов на основе сапропеля на метаболизм, количественные и качественные показатели животноводческой продукции : монография / Р. Н. Файзрахманов, А. М. Ежкова, В. О. Ежков [и др.]. — Казань : КНИТУ, 2020. — 256 с. — ISBN 978-5-7882-2938-6. — Текст : электронный // Лань : электронно-библиотечная система. — URL: https://e.lanbook.com/book/244694 (дата обращения: 00.00.0000). — Режим доступа: для авториз. пользователей.
• Данные: визуализируй, расскажи, используй : сторителлинг в аналитике, Нафлик, К. Н., 2020
• Дельвиг, А. А. Лекарства от несчастий / А. А. Дельвиг. — Санкт-Петербург : Лань, 2013. — 1 с. — ISBN 978-5-507-16810-1. — Текст : электронный // Лань : электронно-библиотечная система. — URL: https://e.lanbook.com/book/17737 (дата обращения: 00.00.0000). — Режим доступа: для авториз. пользователей.
• Иммунология: структура и функции иммунной системы : учеб. пособие, Хаитов, Р. М., 2014
• Как подружить гены в клетках : коктейль молодости, светящиеся котики, напечатанные органы и другие прелести науки, Потапова, А. В., 2023
• Лекарства, которые вы выбираете, , 2001
• Лекарственные средства, действующие на функции внутренних органов и метаболизм: практикум по фармакологии для обучающихся с сервисом переводчика (французский язык) по специальности Стоматология : учебное пособие / А. С. Полупанов, Е. Н. Якушева, Н. М. Попова, С. К. Правкин. — Рязань : РязГМУ, 2022. — 55 с. — Текст : электронный // Лань : электронно-библиотечная система. — URL: https://e.lanbook.com/book/308816 (дата обращения: 00.00.0000). — Режим доступа: для авториз. пользователей.
• Мечников, И. И.  Иммунология. Избранные работы / И. И. Мечников. — Москва : Издательство Юрайт, 2023. — 274 с. — (Антология мысли). — ISBN 978-5-534-12700-3. — Текст : электронный // Образовательная платформа Юрайт [сайт]. — URL: https://urait.ru/bcode/514419 (дата обращения: 27.08.2024).
• Ожередова, Н. А. Иммунология : учебное пособие / Н. А. Ожередова, М. Н. Веревкина. — Ставрополь : СтГАУ, 2022. — 236 с. — Текст : электронный // Лань : электронно-библиотечная система. — URL: https://e.lanbook.com/book/323450 (дата обращения: 00.00.0000). — Режим доступа: для авториз. пользователей.
• Стефанов, В. Е.  Биоинформатика : учебник для вузов / В. Е. Стефанов, А. А. Тулуб, Г. Р. Мавропуло-Столяренко. — Москва : Издательство Юрайт, 2023. — 252 с. — (Высшее образование). — ISBN 978-5-534-00860-9. — Текст : электронный // Образовательная платформа Юрайт [сайт]. — URL: https://urait.ru/bcode/511736 (дата обращения: 27.08.2024).
• Цирельсон, В. Г. Квантовая химия. Молекулы, молекулярные системы и твердые тела : учебное пособие для вузов : учебное пособие / В. Г. Цирельсон. — 5-е изд. — Москва : Лаборатория знаний, 2021. — 522 с. — ISBN 978-5-93208-518-9. — Текст : электронный // Лань : электронно-библиотечная система. — URL: https://e.lanbook.com/book/172254 (дата обращения: 00.00.0000). — Режим доступа: для авториз. пользователей.

Авторы

• Яковлев Павел Андреевич