Яковлев Павел Андреевич
- Старший преподаватель: НИУ ВШЭ в Санкт-Петербурге / Школа информатики, физики и технологий / Департамент информатики
- Научный руководитель образовательной программы: Вычислительная биология и биоинформатика
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2021 году.
- Научно-педагогический стаж: 2 года.
- Владение языками
- английский
- немецкий
- Контакты
- Телефон:
61436 - Адрес: г. Санкт-Петербург, Кантемировская ул., д. 3, корп. 1, лит. А, каб. 4.3
Время присутствия: По согласованию
- SPIN РИНЦ: 2570-8616
- ORCID: 0000-0002-6585-9508
- ResearcherID: A-0000-0000
- Scopus AuthorID: 57200645750
- Google Scholar
- Руководитель
- Храбров А. И.
Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.
Полномочия / обязанности
Академический руководитель магистерской программы «Вычислительная биология и биоинформатика»
Oбразование и учёные степени
Конференции
Участие в конференциях:
• PEGS Summit 2014, Boston, USA
• EuroQSAR 2014, Санкт-Петербург, Россия
• Antibody Engineering & Therapeutics 2014, Huntington Beach, USA
• PEGS Summit 2015, Boston, USA
• ISMB/ECCB 2015, Dublin, Ireland
• 15-th Annual Schrodinger European User Meeting (2015), Paris, France
• Bio-IT World Expo 2016, Boston, USA
• PEGS Summit 2016, Boston, USA
• 16-th Annual Schrodinger European User Meeting (2016), London, UK
• Schrodinger Executive Drug-Design Summit 2017, New York, USA
• BiATA 2017, Санкт-Петербург, Россия
• 17-th Annual Schrodinger European User Meeting (2017), Amsterdam, Netherlands
• Russian Supercomputing Days 2017, Москва, Россия
• PEGS Summit 2018, Boston, USA
• Интеллектуализация обработки информации 2018, Gaeta, Italy
• BiotechClub 2018, Москва, Россия
• PEGS Summit 2019, Boston, USA
• Bio-IT World Expo 2019, Boston, USA
• 19-th Annual Schrodinger European User Meeting (2019), Berlin, Germany
• BiotechClub 2019, Москва, Россия
• Иммунновоспалительные заболевания в условиях пандемии COVID-19, Санкт-Петербург, Россия
• BiotechClub 2020, Москва, Россия
Доклады на конференциях:
• Биоинформатика от генома человека до создания лекарственных средств
22 октября 2015 г.
XII Злокачественные лимфомы
Москва, Россия
• Discovery and Characterization of a High Potency Anti-Inflammatory Trispecific TNFα/IL-17A/IL-17F Inhibitor
29 апреля 2016 г.
PEGS Summit 2016
Boston, USA
• Modern mathematical methods for anticancer drug development
26 мая 2016 г.
VI PhysTech Bio
Москва, Россия
• Современные методы разработки таргетных лекарственных средств
17 ноября 2016 г.
XX Российский онкологический конгресс
Москва, Россия
• Antibody INN rules: humanization vs germalization
4 апреля 2017 г.
The 64th Consultation on International Nonproprietary Names (INN) for Pharmaceutical Substances
Geneva, Switzerland
• Oligo-Designer: rational design for easy gene construction and high protein expression
3 августа 2017 г.
BiATA 2017
Санкт-Петербург, Россия
• Bayesian Optimization for Small Molecule Hit Generation
21 сентября 2017 г.
17-th Annual Schrodinger European User Meeting
Amsterdam, Netherlands
• Разработка таргетных лекарственных средств в эпоху суперкомпьютеров
25 сентября 2017 г.
Russian Supercomputing Days
Москва, Россия
• Метод быстрого множественного попарного выравнивания на основе префиксных деревьев
8 октября 2018 г.
Интеллектуализация обработки информации 2018
Gaeta, Italy
• Раскрывая секреты — разработка оригинальных биотехнологических препаратов в Росии
9 сентября 2020 г.
Иммунновоспалительные заболевания в условиях пандемии COVID-19Санкт-Петербург, Россия
• Таргетирование В-клеточного звена иммунитета для эффективной терапии рассеянного склероза
30 октября 2020 г.
BiotechClub 2020
Москва, Россия
Постеры:
• Computational analysis pipeline for antibody screening
сентябрь 2014
EuroQSAR 2014
Санкт-Петербург, Россия
• The evolution of antibody screening methods - high-fidelity screening
декабрь 2014 г.
Antibody Engineering & Therapeutics 2014
Huntington Beach, USA
• Oligo-Designer: Rational Design for Easy Gene Construction and High Protein Expression
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• BONMAB Technology: “Hot wheel” of mAb discovery and optimization. Anti-CD20 and anti-HER2 antibodies
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• Discovery of bispecific anti-HER2/HER3 and biparatopic anti-HER2/HER2 antibodies
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• Discovery and characterization of a high potency anti-FcRN antibody
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• A Novel Antagonistic Antibody to PDL1 (BCD-135)
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• Finding structures for antibody variable domain (Fv) database
август 2017 г.
BiATA 2017
Санкт-Петербург, Россия
• BENDER: First Semantic-Based Antibody Folding with Structural Annotations
May 2018
PEGS Summit 2018
Boston, USA
• Fixed Dose Selection Based on Population Pharmacokinetic/Pharmacodynamic Modeling
April 2019
PEGS Summit 2019
Boston, USA
• Rapid Automated Scaffolding for Antibody Characteristics Improvement
April 2019
PEGS Summit 2019
Boston, USA
• Raising the Capacity of Adeno-Associated Virus Capsid by the Capsomere Point Mutations
April 2019
PEGS Summit 2019
Boston, USA
Выступления на научных школах:
• Летняя школа по биоинформатике 2014, Санкт-Петербург, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2015, Москва, Россия
• Science Slam 2015, Москва, Россия
• Сириус 2016, Сочи, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2016, Санкт-Петербург, Россия
• Pharma’s cool 2017, Москва, Россия
• Сириус 2017, Сочи, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2017, Москва, Россия
• Future biotech winter school 2018, Сочи, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2018, Санкт-Петербург, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2019, Москва, Россия
Опыт работы
• сентябрь 2020 — настоящее время
Научный руководитель магистерской программы ”Вычислительная биология и биоинформатика”, НИУ ВШЭ
• февраль 2020 — настоящее время
Заместитель генерального директора по ранней разработке и исследованиям, ЗАО ”Биокад”
• сентябрь 2018 — июнь 2020 гг.
Руководитель лаборатории вычислительной биологии, ФИЦ ИУ РАН
• август 2016 — июль 2018 гг.
Преподаватель, НИУ ИТМО
• октябрь 2014 — февраль 2020 гг.
Директор департамента вычислительной биологии, ЗАО ”Биокад”
• сентябрь 2013 — октябрь 2014 гг.
Руководитель группы биоинформатики, ЗАО ”Биокад”
• сентябрь 2012 — сентябрь 2013 гг.
Специалист по биоинформатике, ЗАО ”Биокад”
• октябрь 2011 — июль 2012 гг.
Разработчик программного обеспечения, ГК ”ЭнергопромАвтоматизация”
Опыт преподавания
• осень 2014 г.
Курс ”Структурная биоинформатика белков” магистратура СПбАУ РАН, направление ”Алгоритмическая биоинформатика”
• осень 2014 – весна 2015 гг.
Научное руководство, магистерские диссертации Бондарева Тимофея, Гайдая Игоря и Малыгиной Татьяны магистратура СПбАУ РАН, направление ”Алгоритмическая биоинформатика”
• весна 2015 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ
• осень 2015 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ
• весна 2016 г.
Курс ”Теоретические основы функционального программирования” бакалавриат СПб НИУ ИТМО, кафедра высшей математики
• лето 2016 г.
Научное руководство проектом в проектной смене (победа в конкурсе проектов) президентский лагерь ”Сириус”, направление ”Big Data”
• осень 2016 г.
Курс ”Введение в программирование” бакалавриат СПб НИУ ИТМО, кафедра высшей математики
• осень 2016 г.
Курс ”Введение в белковую биоинформатику” магистратура ПФУ, направление ”Хемоинформатика”
• весна 2017 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ
• весна 2017 – весна 2018 гг.
Менторство, магистранты Малахова Анастасия, Журавлева Дарья, Жорникова Полина, Менщиков Максим и Харин Игорь магистратура СПбГУ, факультеты МатМех и ПМ-ПУ
• лето 2017 г.
Научное руководство, два проекта в проектной смене президентский лагерь ”Сириус”, направление ”Big Data”
• осень 2017 г.
Курс ”Дополнительные главы функционального программирования” бакалавриат СПб НИУ ИТМО, кафедра высшей математики
• весна 2018 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ
• осень 2017 — весна 2018 гг.
Научное руководство, бакалаврскими работами Садовникова Александра, Морозова Владимира НИУ ИТМО, кафедра вычислительной математики
• осень 2018 г.
Курс ”Структурная биоинформатика” магистратура МФТИ, факультет биомедицинской физики
• осень 2019 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ, ФМЛ №30, ФМЛ №239
• весна 2020 г.
Курс ”Современные методы разработки лекарственных средств” магистратура СПбГУ, биолого-почвенный факультет
• осень 2019 — весна 2020 гг.
Научное руководство, магистерские диссертации Садовникова Александра, Кочковой Софьи магистратура НИУ ИТМО, кафедра компьютерных технологий
• осень 2020 г.
Модуль ”Иммунология” в курсе ”Молекулярная биология и биотехнологии” магистратура НИУ ВШЭ, Санкт-Петербургская школа математических и компьютерных наук