Яковлев Павел Андреевич
- Старший преподаватель:НИУ ВШЭ в Санкт-Петербурге / Санкт-Петербургская школа физико-математических и компьютерных наук / Департамент информатики
- Академический руководитель образовательной программы:Вычислительная биология и биоинформатика
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2021 году.
Полномочия / обязанности
Академический руководитель магистерской программы «Вычислительная биология и биоинформатика»
Образование
- 2018
Аспирантура: Санкт-Петербургский национальный исследовательский Академический университет Российской академии наук, специальность «Информатика и вычислительная техника», квалификация «Исследователь. Преподаватель-исследователь»
- 2014
Магистратура: Академический университет – научно–образовательный центр нанотехнологий Российской академии наук, специальность «Прикладные математика и физика», квалификация «Магистр»
- 2012
Бакалавриат: Санкт-Петербургский государственный политехнический университет, специальность «Информатика и вычислительная техника», квалификация «Бакалавр техники и технологии»
Публикации7
- Глава книги Sadovnikov A., Ermak T., Yakovlev P. Statistical Potential to Improve Antibody-Antigen Docking, in: Proceedings of the 26th Conference of Open Innovations Assosiation FRUCT. IEEE, 2020. doi P. 646-651. doi
- Статья Аникин А. С., Большакова О. А., Гасников А. В., Горнов А. Ю., Ермак Т. В., Макаренко Д. В., Морозов В. П., Нетеребский Б. О., Яковлев П. А. Алгоритмы локальной минимизации силового поля для трехмерного представления макромолекул // Журнал вычислительной математики и математической физики. 2019. Т. 59. № 12. С. 2060-2076. doi
- Статья Яковлев П. А. Метод быстрого множественного попарного выравнивания на основе префиксных деревьев // Доклады Академии наук. 2019. Т. 484. № 4. С. 401-404. doi
- Статья Бойко О. В., Бойко А. Н., Яковлев П. А., Зинкина-орихан А. В., Котов С. В., Линькова Ю. Н., Прахова Л. Н., Тотолян Н. А., Щур С. Г., Иванов Р. А. Результаты I фазы клинического исследования моноклонального антитела против CD20 (BCD-132): фармакокинетика, фармакодинамика и безопасность // Журнал неврологии и психиатрии им. С.С. Корсакова. 2019. Т. 119. № 2. С. 87-95. doi
- Статья Eliseev I. E., Yudenko A. N., Vysochinskaya V. V., Svirina A. A., Evstratyeva A. V., Drozhzhachih M. S., Krendeleva E. A., Vladimirova A. K., Nemankin T. A., Ekimova V. M., Ulitin A. B., Lomovskaya M. I., Yakovlev P., Bukatin A. S., Knyazev N. A., Moiseenko F. V., Chakchir O. B. Crystal structures of a llama VHH antibody BCD090-M2 targeting human ErbB3 receptor // F1000Research. 2018. Vol. 7. Article 57. doi
- Глава книги Ermak T., Shehovtsov A., Yakovlev P. HEDGE: Highly accurate GPU-powered protein-protein docking pipeline, in: MATHEMATICAL MODELING AND HIGH-PERFORMANCE COMPUTING IN BIOINFORMATICS, BIOMEDICINE AND BIOTECHNOLOGY (MM-HPC-BBB-2018). The 3rd International Symposium. Novosibirsk : Институт вычислительной математики и математической геофизики Сибирского отделения РАН, 2018. P. 1-1. doi
- Статья Eliseev I. E., Yudenko A. N., Besedina N. A., Ulitin A. B., Ekimova V. M., Evdokimov S. R., Putintceva J. V., Yakovlev P., Lomovskaya M. I., Terterov I. N., Bogdanov A. A., Dubina M. V. Thermodynamic Analysis of the Conformational Stability of a Single-Domain Therapeutic Antibody // Technical Physics Letters. 2017. Vol. 43. P. 1088-1091. doi
Конференции
Участие в конференциях:
• PEGS Summit 2014, Boston, USA
• EuroQSAR 2014, Санкт-Петербург, Россия
• Antibody Engineering & Therapeutics 2014, Huntington Beach, USA
• PEGS Summit 2015, Boston, USA
• ISMB/ECCB 2015, Dublin, Ireland
• 15-th Annual Schrodinger European User Meeting (2015), Paris, France
• Bio-IT World Expo 2016, Boston, USA
• PEGS Summit 2016, Boston, USA
• 16-th Annual Schrodinger European User Meeting (2016), London, UK
• Schrodinger Executive Drug-Design Summit 2017, New York, USA
• BiATA 2017, Санкт-Петербург, Россия
• 17-th Annual Schrodinger European User Meeting (2017), Amsterdam, Netherlands
• Russian Supercomputing Days 2017, Москва, Россия
• PEGS Summit 2018, Boston, USA
• Интеллектуализация обработки информации 2018, Gaeta, Italy
• BiotechClub 2018, Москва, Россия
• PEGS Summit 2019, Boston, USA
• Bio-IT World Expo 2019, Boston, USA
• 19-th Annual Schrodinger European User Meeting (2019), Berlin, Germany
• BiotechClub 2019, Москва, Россия
• Иммунновоспалительные заболевания в условиях пандемии COVID-19, Санкт-Петербург, Россия
• BiotechClub 2020, Москва, Россия
Доклады на конференциях:
• Биоинформатика от генома человека до создания лекарственных средств
22 октября 2015 г.
XII Злокачественные лимфомы
Москва, Россия
• Discovery and Characterization of a High Potency Anti-Inflammatory Trispecific TNFα/IL-17A/IL-17F Inhibitor
29 апреля 2016 г.
PEGS Summit 2016
Boston, USA
• Modern mathematical methods for anticancer drug development
26 мая 2016 г.
VI PhysTech Bio
Москва, Россия
• Современные методы разработки таргетных лекарственных средств
17 ноября 2016 г.
XX Российский онкологический конгресс
Москва, Россия
• Antibody INN rules: humanization vs germalization
4 апреля 2017 г.
The 64th Consultation on International Nonproprietary Names (INN) for Pharmaceutical Substances
Geneva, Switzerland
• Oligo-Designer: rational design for easy gene construction and high protein expression
3 августа 2017 г.
BiATA 2017
Санкт-Петербург, Россия
• Bayesian Optimization for Small Molecule Hit Generation
21 сентября 2017 г.
17-th Annual Schrodinger European User Meeting
Amsterdam, Netherlands
• Разработка таргетных лекарственных средств в эпоху суперкомпьютеров
25 сентября 2017 г.
Russian Supercomputing Days
Москва, Россия
• Метод быстрого множественного попарного выравнивания на основе префиксных деревьев
8 октября 2018 г.
Интеллектуализация обработки информации 2018
Gaeta, Italy
• Раскрывая секреты — разработка оригинальных биотехнологических препаратов в Росии
9 сентября 2020 г.
Иммунновоспалительные заболевания в условиях пандемии COVID-19
Санкт-Петербург, Россия
• Таргетирование В-клеточного звена иммунитета для эффективной терапии рассеянного склероза
30 октября 2020 г.
BiotechClub 2020
Москва, Россия
Постеры:
• Computational analysis pipeline for antibody screening
сентябрь 2014
EuroQSAR 2014
Санкт-Петербург, Россия
• The evolution of antibody screening methods - high-fidelity screening
декабрь 2014 г.
Antibody Engineering & Therapeutics 2014
Huntington Beach, USA
• Oligo-Designer: Rational Design for Easy Gene Construction and High Protein Expression
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• BONMAB Technology: “Hot wheel” of mAb discovery and optimization. Anti-CD20 and anti-HER2 antibodies
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• Discovery of bispecific anti-HER2/HER3 and biparatopic anti-HER2/HER2 antibodies
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• Discovery and characterization of a high potency anti-FcRN antibody
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• A Novel Antagonistic Antibody to PDL1 (BCD-135)
май 2017 г.
PEGS Summit 2017
Boston, USA
• Finding structures for antibody variable domain (Fv) database
август 2017 г.
BiATA 2017
Санкт-Петербург, Россия
• BENDER: First Semantic-Based Antibody Folding with Structural Annotations
May 2018
PEGS Summit 2018
Boston, USA
• Fixed Dose Selection Based on Population Pharmacokinetic/Pharmacodynamic Modeling
April 2019
PEGS Summit 2019
Boston, USA
• Rapid Automated Scaffolding for Antibody Characteristics Improvement
April 2019
PEGS Summit 2019
Boston, USA
• Raising the Capacity of Adeno-Associated Virus Capsid by the Capsomere Point Mutations
April 2019
PEGS Summit 2019
Boston, USA
Выступления на научных школах:
• Летняя школа по биоинформатике 2014, Санкт-Петербург, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2015, Москва, Россия
• Science Slam 2015, Москва, Россия
• Сириус 2016, Сочи, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2016, Санкт-Петербург, Россия
• Pharma’s cool 2017, Москва, Россия
• Сириус 2017, Сочи, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2017, Москва, Россия
• Future biotech winter school 2018, Сочи, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2018, Санкт-Петербург, Россия
• Летняя школа по биоинформатике 2019, Москва, Россия
Опыт работы
• сентябрь 2020 — настоящее время
Научный руководитель магистерской программы ”Вычислительная биология и биоинформатика”, НИУ ВШЭ
• февраль 2020 — настоящее время
Заместитель генерального директора по ранней разработке и исследованиям, ЗАО ”Биокад”
• сентябрь 2018 — июнь 2020 гг.
Руководитель лаборатории вычислительной биологии, ФИЦ ИУ РАН
• август 2016 — июль 2018 гг.
Преподаватель, НИУ ИТМО
• октябрь 2014 — февраль 2020 гг.
Директор департамента вычислительной биологии, ЗАО ”Биокад”
• сентябрь 2013 — октябрь 2014 гг.
Руководитель группы биоинформатики, ЗАО ”Биокад”
• сентябрь 2012 — сентябрь 2013 гг.
Специалист по биоинформатике, ЗАО ”Биокад”
• октябрь 2011 — июль 2012 гг.
Разработчик программного обеспечения, ГК ”ЭнергопромАвтоматизация”
Опыт преподавания
• осень 2014 г.
Курс ”Структурная биоинформатика белков” магистратура СПбАУ РАН, направление ”Алгоритмическая биоинформатика”
• осень 2014 – весна 2015 гг.
Научное руководство, магистерские диссертации Бондарева Тимофея, Гайдая Игоря и Малыгиной Татьяны магистратура СПбАУ РАН, направление ”Алгоритмическая биоинформатика”
• весна 2015 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ
• осень 2015 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ
• весна 2016 г.
Курс ”Теоретические основы функционального программирования” бакалавриат СПб НИУ ИТМО, кафедра высшей математики
• лето 2016 г.
Научное руководство проектом в проектной смене (победа в конкурсе проектов) президентский лагерь ”Сириус”, направление ”Big Data”
• осень 2016 г.
Курс ”Введение в программирование” бакалавриат СПб НИУ ИТМО, кафедра высшей математики
• осень 2016 г.
Курс ”Введение в белковую биоинформатику” магистратура ПФУ, направление ”Хемоинформатика”
• весна 2017 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ
• весна 2017 – весна 2018 гг.
Менторство, магистранты Малахова Анастасия, Журавлева Дарья, Жорникова Полина, Менщиков Максим и Харин Игорь магистратура СПбГУ, факультеты МатМех и ПМ-ПУ
• лето 2017 г.
Научное руководство, два проекта в проектной смене президентский лагерь ”Сириус”, направление ”Big Data”
• осень 2017 г.
Курс ”Дополнительные главы функционального программирования” бакалавриат СПб НИУ ИТМО, кафедра высшей математики
• весна 2018 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ
• осень 2017 — весна 2018 гг.
Научное руководство, бакалаврскими работами Садовникова Александра, Морозова Владимира НИУ ИТМО, кафедра вычислительной математики
• осень 2018 г.
Курс ”Структурная биоинформатика” магистратура МФТИ, факультет биомедицинской физики
• осень 2019 г.
Курс ”Биомедицинская информатика” спецкурс ФТШ, ФМЛ №30, ФМЛ №239
• весна 2020 г.
Курс ”Современные методы разработки лекарственных средств” магистратура СПбГУ, биолого-почвенный факультет
• осень 2019 — весна 2020 гг.
Научное руководство, магистерские диссертации Садовникова Александра, Кочковой Софьи магистратура НИУ ИТМО, кафедра компьютерных технологий
• осень 2020 г.
Модуль ”Иммунология” в курсе ”Молекулярная биология и биотехнологии” магистратура НИУ ВШЭ, Санкт-Петербургская школа математических и компьютерных наук