• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Сравнительная геномика

2022/2023
Учебный год
RUS
Обучение ведется на русском языке
6
Кредиты
Статус:
Курс по выбору
Когда читается:
2-й курс, 1, 2 модуль

Программа дисциплины

Аннотация

Является дисциплиной по выбору. В рамках освоения дисциплины студенты получат представление о функциональной аннотации генов, характеризации геномов по молекулярной массе, количеству генов и нуклеотидной последовательности, выявлению сходства и различия в организации геномов. Для освоения дисциплины необходимы знания, полученные в результате изучения дисциплины «Молекулярная биология и биотехнологии».
Цель освоения дисциплины

Цель освоения дисциплины

  • Формирование у студентов представления об эволюции геномов, связи ее с эволюционной историей отдельных генов, а также практических навыков аннотации геномов с использованием сравнительно-геномных методов.
Планируемые результаты обучения

Планируемые результаты обучения

  • Знает основные алгоритмы и программы анализа эволюции геномов.
  • Знает современные проблемы в области эволюции геномов, постановки задач, в том числе, нерешенных.
  • Знает фундаментальные понятия, законы, модели эволюции геномов.
  • Имеет навыки оценки качества аннотации.
  • Имеет навыки поиска гомологов.
  • Имеет навыки построения филогенетических деревьев.
  • Имеет навыки реконструкции хромосомных перестроек.
  • Уметь использовать адекватные современные программные средства анализа геномов.
  • Умеет проводить автоматическую аннотацию геномов.
  • Умеет проводить функциональную аннотацию и анализ регуляции бактериальных генов с использованием сравнительно-геномных методов.
Содержание учебной дисциплины

Содержание учебной дисциплины

  • Функциональная аннотация
  • Эволюция геномов
  • Системная биология
Элементы контроля

Элементы контроля

  • неблокирующий Дискуссия
    Студенты участвуют в дискуссии по теме, заранее выбранной преподавателем.
  • блокирующий Экзамен №2
  • блокирующий Экзамен №1
Промежуточная аттестация

Промежуточная аттестация

  • 2022/2023 учебный год 1 модуль
    0.59 * Дискуссия + 0.41 * Экзамен №1
  • 2022/2023 учебный год 2 модуль
    0.41 * Экзамен №2 + 0.59 * Дискуссия
Список литературы

Список литературы

Рекомендуемая основная литература

  • Baxevanis, A. D., & Ouellette, B. F. F. (2001). Bioinformatics : A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Vol. 2nd ed). New York: Wiley-Interscience. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=82014
  • Mushegian, A. R. (2007). Foundations of Comparative Genomics. Amsterdam: Academic Press. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=199143
  • Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics (Vol. Third edition). Chichester, West Sussex, UK: Wiley-Blackwell. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=1055003

Рекомендуемая дополнительная литература

  • Galperin, M. Y., & Koonin, E. V. (2000). Who’s your neighbor? New computational approaches for functional genomics. Nature Biotechnology, 18(6), 609. https://doi.org/10.1038/76443
  • Orengo, C., Jones, D., & Thornton, J. M. (2003). Bioinformatics : Genes, Proteins and Computers. Oxford: Taylor & Francis. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=102529